Vládní návrh zákona o zahraničních agentech čelí kritice ze strany nevládních organizací. Greenpeace Česká republika i nezávislý projekt Programy do voleb tvrdí, že zákon pod záminkou transparentnosti zavádí bezprecedentní státní kontrolu nad organizacemi spolupracujícími se zahraničními partnery.
Podstatou sporu je povinná registrace subjektů, které přijímají zahraniční financování a působí ve veřejném, politickém, mediálním, vzdělávacím nebo akademickém prostoru. Za nesplnění registrační povinnosti hrozí podle dostupných informací pokuta až 15 milionů korun nebo zákaz činnosti na pět let. Kritici upozorňují, že definice jsou záměrně vágní a o tom, kdo pod zákon spadne, bude rozhodovat úředník.
Greenpeace poukazuje na zjevnou asymetrii zákona: zatímco nevládní organizace s evropskými granty musejí zveřejňovat zaměstnance, spolupracovníky i finanční toky, dezinformační weby financované přes kryptoměny ze zahraničí mají podle organizace výjimku. Autoři zákona se odvolávají na americký vzor – zákon FARA. Greenpeace ale namítá, že FARA cílí výhradně na lobbisty cizích vlád a žádná neziskovka v jejím registru figurovat nemusí. Za skutečný předobraz označuje ruský zákon o zahraničních agentech z roku 2012, jehož obdobu použil maďarský premiér Viktor Orbán k vyhnání Středoevropské univerzity z Budapešti a který slovenský ústavní soud shledal protiústavním.
Konkrétní dopady hrozí například projektu Programy do voleb, který osm let nezávisle a nestranně informuje veřejnost o volebních programech stran. Důvod, proč by se zákon vztahoval i na něj, je prostý: zakládající členkou spolku je občanka Slovenska. Přestože jde o občanku členské země Evropské unie a spolek pravidelně zveřejňuje výroční zprávy, přehledy závazků i transparentní účet, hrozilo by mu označení za podezřelé uskupení. Provozovatelé projektu proto oznámili, že pokud zákon projde, Programy do voleb ukončí činnost. Riziko likvidačních pokut a šikanózního dozoru narušujícího soukromí jejich slov označili za nepřijatelné.
